Sistem pendidikan dan pengajaran di FIAI-UII mengacu pada pedoman penyelenggaraan Pendidikan yang dikeluarkan oleh Departemen Agama Republik Indonesia SK Menteri Pendidikan Nasional RI No. 232/U/2000 tentang Pedoman Penyusunan Kurikulum Pendidikan Tinggi.
Sistem Satuan Kredit Semester (SKS) diterapkan untuk menunjang kelancaran proses belajar mahasiswa, dengan jumlah SKS sebagai berikut:
Jurusan Tarbiyah | : | 145 SKS | |
Jurusan Syari’ah | : | 147 SKS | |
Jurusan Ekonomi Islam | : | 146 SKS |
Jumlah SKS didistribusikan dalam 7 (tujuh) semester.